在水質分析中，大腸桿菌的存在可指示糞便對水的污染程度，細菌濃度與污染程度為正相關關系,所以，大腸桿菌的存在暗示水中可能存在腸道致病菌。在某種程度上，大腸桿菌可作為食品微生物的指示菌或措標菌。此外，有些血清屮的大腸桿菌為致病性的。大腸桿菌是引起嬰兒腸胃病的主要致病菌，同時也可在成人中引發食物中毒。
生的或含夾生成分的食品中通常含有包括大腸桿菌在內的大腸菌群，但因這些菌能在食品中增殖，因此在起始的污染水平和菌體數量上沒有相關關系。大腸桿菌和其他腸 道共生菌的存在，暗示食品中可能存在腸道致病菌，但有時即使不存在腸道共生菌也不能 說食品中就不存在致病菌。例如某些動物患有相關沙門氏菌感染(乳腺炎、輸卵管感染或 菌血癥），其動物源性生食品(牛奶、雞蛋、肉）中可能不含大腸桿菌而含沙門氏菌。所以，對食品的計數結果的說明一定要十分謹慎。
進一步的問題是，大腸桿菌在某些食品中的抵抗力（如含亞硝酸鹽的咸食品，見第15 章〉或對某些處理過程的抵抗力弱于沙門氏菌。當兩種菌同時存在時，如果大腸桿菌來源 于糞便的污染(如處理食品的工人，其手被糞便污染），只有在食品受污染后要馬上檢驗才 能保證大腸桿菌的計數結果與糞便的污染成比例。
如果食品受污染后不立即取樣檢驗,那么對經過儲存或放置后的食品的檢驗結果將可能產生以下疑問：
(1) 大腸桿菌可能全部死亡，檢測不出起始的糞便污染。就會誤認為其他腸道菌也已被全部殺死。
(2) 大腸桿菌的數量與被污染時的數量大至相同，但卻不能說其他腸道菌也與剛污染時一樣。
(3) 大腸桿菌已經生長并增殖。在這種情況下，必須假設適合大腸桿菌生長繁殖的環境也適合其他腸道菌的生長繁殖。
所以，即使有數量巨大的大腸桿菌，也不能說食品的糞便污染是近期的或嚴重的，只 能認為食品中有腸道致病菌存在的可能性。
再者，大腸桿菌生存或繁殖的能力并不代表沙門氏菌等致病菌生存或繁殖的能力 0 因此，Mossel 及其同事認為對食品品 質較好的評價辦法是進行“總腸道菌計數”（total Enterobacteriaceae count；Mossel, 1951. 1967;Mossel等，1962)。在選擇性大腸菌群培養基中加入葡萄糖即可進行計數。使用紫紅膽鹽瓊脂培養基時，葡萄糖在配方中的含量應為1%認為使用總腸道 菌計數非常合理（Mossel，l%7;Mosse丨等，1995)，它能客觀地反映食品中腸道菌的污染情況。
對這些腸道菌的定義(注意,每族細菌都由已定義好的亞族組成)如下：
(1) 總腸道細菌(Total Enterobactenaceae) 在有膽鹽存在時，能分解葡萄糖生長并產酸(使用紫紅膽鹽葡萄糖瓊脂)。
(2) 腸道產氣菌（Coli - aerogenes bacteria)在有膽鹽或其他等效選擇因子存在時， 在30培養條件下分解乳糖產酸產氣。
(3) 大腸菌群(Colifomibactda)在有膽鹽或其他等效選擇因子存在時，在35或 37生長并分解乳糖產酸產氣。
(4) 糞大腸菌群(Fzccal collform bactcria) 在有膽鹽或其他等效選擇因子存在時，在 44?45生長并能分解乳糖產酸產氣c注意:該實驗的關鍵是培養溫度，必須使用水浴。 假設計數結果相同，那么指示范圍內培養溫度的選擇取決于培養基的選擇。但當釆用不同的計數方法檢測同一種細菌能得到相同的計數結果時，溫度的選擇與培養基無關。
(5) 大腸桿菌 除上述特征外,該族細菌甲基紅試驗陽性；V-P 試驗陰性，不能利用檸檬酸鹽作基礎碳源。吲哚試驗陽性者為I型大腸桿菌，常棲息在腸道中。
然而，必須注意的是，產vero細胞毒素型(VTEC)大腸桿菌0157:H7在44條件下生長不良:此外，許多分類學家認為，志賀氏菌沒有明顯的分類特征，可以作為 一個屬從大腸桿菌中分出來，因為某些腸侵襲型(EIEC)大腸桿菌與某些志賀氏菌屬相 似。腸侵襲型大腸桿菌對乳糖發酵遲緩或根本不發酵，也沒有運動性。因此,用本章介紹的分離技術不能檢測VTEC和EIEC。
在經過熱處理的食品中發現上述任何一族細菌，都說明這種食品有以下一種或多種 可能性：
(1) 細菌起始濃度高，以致于熱處理不能使細菌減少到不能撿測的低水平；
(2) 熱處理后的條件可使殘留的細菌增殖到可檢測的水平；
(3) 熱處理后發生了再次污染。
加熱后的食品中可能有少數耐熱菌的存在，但除非采用D值法證實了是耐熱菌，否則要優先考慮上述三種情況下造成的污染。
總之，對熱處理食品或貨架擺放食品應擴大檢測范圍。而生肉類食品的檢測范闈則可以適當小些，這些食品中的糞便污染情況可通過腸道致病菌的檢測獲得。對于這類產品，最好使用計數方法來評價產品本身的污染程度，而不采用評價加工和儲存步驟響效性的方法。
